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Wenn der DOM-Baum im Browser sich vom Quelltext unterscheidet, dann sind zu 99,99% Fehler im HTML dafür verantwortlich. Fällt der HTML-Validator von w3.org bei dir unter sondtige? Ansonsten solltest du dort mal schauen. Wenn der Quelltext allerdings in Ordnung ist brauchen wir ein Online-Beispiel um das Problem nachvollziehen zu können.
Ich kann zwar weiterhin nicht erklären, wie das Problem aufgetaucht ist, allerdings habe ich ich den Code nochmal optimiert und das Problem war weg. Allerdings scheint hier ein Fall im Bereich 0,01% zu liegen, denn am Javascript musste nichts verändert werden,es war zwar eingebunden, hatte aber nichts mit dem Content zu schaffen.