Schau im PMA auf der Seite "MySQL-System-Variablen anzeigen" die Werte für "character set ..." an, speziell für client, connection und results und da jeweils die globalen Werte (wenn angezeigt).
haracter set client utf8
(Globaler Wert) latin1
character set connection utf8
(Globaler Wert) latin1
character set database latin1
character set results utf8
(Globaler Wert) latin1
character set server latin1
character set system utf8
character sets dir /usr/local/mysql/share/mysql/charsets/
collation connection utf8_general_ci
(Globaler Wert) latin1_swedish_ci
collation database latin1_swedish_ci
collation server latin1_swedish_ci
Stell einfach ganz konkret deine Verbindung so ein, wie dein Client sie braucht. Verlass dich nicht auf irgendwelche Defaultwerte.
mysql_set_charset() fällt für mich leider aus, da php 5.xx benötigt wird, mein provider dies aber nur als cgi-version(?) anbietet ...