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Bezieht sich die Transparenz also nur auf "Optik" und nicht "Funktion"?
Wenn Du eine Glasscheibe, die ja nunmal Transparent ist, auf Deine Tastatur legst, kannst du alle Tasten sehen, aber keine Drücken. Probier es aus!
Blödes Beispiel, aber warum sollte es im Browser anders sein? Wenn Du ein transparentes Element ÜBER einen Button, Link oder sonstiges legst, kannst Du das darunterliegende Objekt zwar noch sehen, aber nicht mehr bedienen. Ist doch logisch und jeder Browser der sich so verhält, verhält sich dann selbstverständlich RICHTIG.
Auge