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Wieso musst Du denn in einer zu includierenden Datei etwas ersetzen? Wenn es dich stört, schreib es doch gar nicht erst rein! Oder includierst Du etwa von Fremden gelieferte Dateien? Das wäre dann sicherlich nicht unbedingt die richtige Anwendung für include().
ich include eigene Inhalte, die über ein CMS angelegt werden. Inhalte befinden sich also in einer DB und werden vom CMS autom. verwaltet, included, etc. Der wysiwyg-Editor ist zwar toll, kann aber nicht alles (logo! habe eigene funktionen, dass der Inhalt-Anleger bspw. "[/info[/]hier steht inhalt, der bei hover angezeigt wird/]" eintragen kann, und dass dann auto_replaced wird mit einem Fragezeichen-Bild, welches bei Hover den Infotext anzeigt. Dafür muss ich alles, was das CMS über die Indexdatei included (aus der MySQL-DB ausliest) über meine Funktion laufen lassen.