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Sowas solltest du erst mal direkt mit HTML testen, nicht gleich über PHP und eine Variable.
Gesagt, getan.
<html>
<head>
<title>Ein Testfile</title>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="style.css">
<script src="functions.js" type="text/javascript">alert("JAVASCRIPT AUSGABE");</script>
</head>
<body>
<?php
echo "PHP AUSGABE";
?>
</body>
</html>
Den Code habe ich bei mir mal ausprobiert - einmal als .htm einmal als .html und einmal als .php File. In keinem Fall kommt bei mir die JS Ausgabe, nur bei dem .php File kommt die PHP Ausgabe.
JürgenB