Beat: IE fabriziert Müll

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HTML:
[code lang=html]<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

Diesen Doctype solltest du überdenken und entweder die Variante strict verwenden oder die Variante mit Adress-Angabe.
Ersteres ist eindeutig vorzuziehen. strict akzeptiert aber keine target-Attribute, wobei aber sowieso zu fragen ist, wie notwendig diese sind.

Nach dieser Änderung sollten sich deine Probleme erstmal reduziert haben, valides HTML vorausgesetzt.
Anbei solltest du semantisches HTML produzieren.
Eine Navigation ist meist eine Liste.
Leere Elemente erweisen sich bei klügerer Anwendung von CSS als meist überflüssig.

  	<div id="navigationContent">  
  		<div id="navLinks">  
  			<div id="navLinksTitle"></div>  
  			<div class="Seperator"></div>  
  			<a href="index.php?nav=news" id="NewsActivated" class="navLinks"></a>  

...

  		</div>				  

mfg Beat

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Der Valigator leibt diese Fische