IE9 macht JS-Manipulationen rückgängig?!?

[Thomas]

Wo steht das onclick? Zeig mal den entsprechenden Code.

  
<a onclick="wackelschalter('bereich1');" href="#" target="_top">Übersicht</a>  

Hier übergebe ich den Klassennamen des DIV-Elements ('bereich1', 'bereich2', '...')

In obigem Beispiel übergibst du keinen String, sondern einen (wahrscheinlich nicht auflösbaren) Bezeichner. Da fehlen die Anführungszeichen.

nach Durchlauf der Schleife nimmt der IE aber alle Änderungen wieder zurück und zeigt das HTML so an, wie in die Datei eingetragen.

Hört sich so an, als würde die Seite neu geladen. Wo steht das onclick? In einem a-Element?

ja. s.o.