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Danke für die Hilfe, habs jetzt so gelöst, eigentlich relativ einfach:
AddHandler fcgid-script .php$ .php4 .php5
Offensichtlich wird hier RegExp interpretiert und somit alles geparsed, was .php enthält. Jetzt muss das .php am Ende stehen.
Vielleicht hilft es mal jemanden ;)