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Ist dir da unterschiedliches Verhalten von fgetcsv() bekannt, je nachdem auf welcher Plattform es verwendet wird? Mir ist da bisher nichts aufgefallen. Ich war immer der Meinung, dass alle üblichen Zeilenendezeichen erkannt werden, sogar bei gemischter Verwendung.
fgetcsv() interessiert sich gar nicht für die Zeilenenden ;) das macht fopen() - aber dem ist das Zeilenende beim Lesen egal, nur beim Schreiben eben nicht, da muss man sie per Hand setzten. Beim Lesen von Binärdaten kann man fopen dazu bringen, die Zeilenenden zu ignorieren (oder Codefragmente die dort so aussehen) indem man das b-Flag nutzt.