Den PHP-Code kann man grundsätzlich hinschreiben wo man will. Ich persönlich schreibe ihn meistens an den Anfang der Seite.
Wenn der PHP-Code HTML-Code erzeugen soll, kann man das z.B. so machen:
Anfang der Seite:
  
<?php  
$inhalt="Test";  
?>
Im HTML-Code:
  
<html>  
<body>
<?php echo $inhalt ?>~~~html
</html>
</body>
  
So wird der Code oben erzeugt und dann über Variablen in den HTML-Code gebracht.