"Warte-Schleife" mit return-Werten

[unknown]

Wie kann ich aber in den einzelnen return function(), Variablen so verändern, dass ich sie später wieder verwenden kann?

Auf alle Variablen die innerhalb des Scopes der deine Clousure erzeugt zugreifbar sind hast du Zugriff.
Du kannst also auf alle Variablen aus ISSUE_Ueberpruefung einfach zugreifen. z.B. auf list, infile, und list_ISSUE_Pruefung.

Also Variablen in dieses Konstrukt übergeben um damit zu arbeiten?

Aufpassen musst du mit Variablen die nach Erzeugung der Clousure noch verändert werden, du aber eigentlich den Wert zum Zeitpunkt der Erzeugung benötigst. Diesen musst du in einer extra Variablen sichern, die sich nicht mehr ändert.
Wie du das mit der Variablen i aus der for-Schleife gemacht hast. Die hast du in dem Argument i in der anonymen Funktion gespeichert.

Oder im Allgemeinen gesagt, wie kann ich da eine globale Variable (oder Array) verändern?

Auf globale Variablen kann man von überall zugreifen, das macht sie ja so gefährlich.