Tach!
Prinzipiel ist die .html Datei mit dem charset UTF-8 kodiert. Müssen in Java zusätzlich noch charsets angegeben werden?
Für den Javascript-Code kann man keine Zeichenkodierung angeben. Das geht nur über das (HTML-)Dokument, in dem er eingebettet ist oder über den HTTP-Header für eine eigenständige Javascript-Ressource. Bist du sicher, dass die HTML-Datei richtig ausgezeichnet und auch tatsächlich so kodiert ist? Was machen denn beispielsweise die Ümläütë in deinem HTML für einen optischen Eindruck im Browser? Wenn alles passend aussieht, müsstest du dann mal mit Debugging an die Sache rangehen. Im einfachsten Falle solltest du mal beide Werte mit alert() ausgeben, die du da zu vergleichen versuchst.
dedlfix.