Tach!
Frage: [...] Wie kommen die gelöschten Dateien in die $_POST[jfiler-items-exclude-files]?
Alles was in $_POST und $_FILES landet, stand in einem Formular. Zum Beispiel versteckt als <input type=hidden>. Zumindest beim herkömmlichen Ansatz. Wenn XHR (Ajax) im Spiel ist, dann werden die Post-Daten auch gern direkt dem Ajax-Aufruf übergeben.
dedlfix.