Das ist alles wirklich sehr weird. Vielleicht liegt es einem Hardware- oder Treiber-Fehler, vielleicht ist aber auch eine Browser-Erweiterung daran Schuld, um letzteres auszuschließen könntest du mal den Browser im Inkognito-Modus laufen lassen, da sind stadardmäßig alle Erweiterungen deaktiviert.
Das Verhalten ist nach meinem momentanen Kenntnisstand nicht vorhersehbar. Aber da das Problem ja nur wenige betrifft, würde es mir reichen, das lange Einfrieren des Browsers zu unterdrücken.
Du kannst WebGL afaik. in einem Web Worker ausführen. Dann laufen UI und WebGL in getrennten Threads und blockieren sich nicht gegenseitig.
Edit: Hier ist ein aktuellerer Beitrag über WebGL Worker https://hacks.mozilla.org/2016/01/webgl-off-the-main-thread/