Oder fehlt da etwas anderes?
Bei 500er Fehlern immer die Ausgabe des Fehler-Logs betrachten:
1. Schritt:
In einer Konsole / Terminal / SSH-Sitzung
tail -n 0 -f /var/log/apache2/error.log
starten.
2. Schritt:
Nicht funktionierende „Webseite“ abrufen.
3. Schritt:
Ausgaben hier posten.
(Die Glaskugel sagt: Vermutlich liegt es an den Rechten.)