Falls man das WebP unabhängig davon unter Windows weiterverwenden möchte, kann man es alternativ einmal in PNG konvertieren. Damit lässt sich auch schnell prüfen, ob das Problem tatsächlich nur bei der WebP-Datei bzw. deren Verarbeitung auftritt.
Das geht z. B. direkt im Browser mit Konvertus: https://konvertus.co
Wenn das PNG anschließend mit transparentem Hintergrund angezeigt wird, würde ich das ursprüngliche WebP nicht weiter verändern – dann liegt es eher am Umgang mit der heruntergeladenen WebP-Datei.