Sup!
Die in Anführungszeichen eingeschlossenen Anführungszeichen solltest Du schon "quoten", d.h. mit Backslash \ ihrer Bedeutung "Ende der Zeichenkette" berauben.
Also so:
$conni="<center>
<A HREF="http://www.url.de/verzeichniss$Zweidimliste[0][6]/HTML/$Zweidimliste[0][5].html">
$Zweidimliste[0][1]</A> von $Zweidimliste[0][0]<br><br>
</font></center>";
Gruesse,
Bio