Hallo Andreas,
der wohl größte Nachteil wird das loakle Arbeiten an der Seite. Auch dort wird die Seite immer nach der Referenz mit Pfad im Netz suchen, d.h. Du wirst Deine Seite offline kaum mehr entwickeln/pflegen können.
Falls Dir PHP zur Verfügung steht könntest Du eine Variable $pfad am Anfang aller Dateien festlegen und jeweils in die URL einfügen lassen. Dann musst Du zumindest den Pfad pro Datei nur einmal anpassen.
Grüße aus Würzburg
Julian