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Wenn Du den Größenwahn des Popups etwas dämpfst, damit es bei 800x600 nicht den Bildschirm sprengt (könnte man auch prozentual abhängig von screen.availWidth und -Height machen)
Die sind im Endeffekt genauso (un)sinnig wie die anderen Eigenschaften des screen-Objekts.
Keine Ahnung, wo Du Deinen Endeffekt siehst, aber sie sind (un)sinnig genug, um zu verhindern, den meisten Benutzern mit Anzeigen kleiner gleich 800x600 ein 820x600 Pixel großes Fenster vor den Latz zu knallen. Wenn es schon ein riesiges Popup sein muss, dann ist es allemal besser, sich überhaupt irgendwie um die Umgebung zu kümmern als völlig blind durch die Gegend zu stolpern.
Ob also availWidth/-Height irgendetwas mit der für den Benutzer optimalen Fenstergröße zu tun haben
Niemand hat die optimale Fenstergröße versprochen. Es geht eher um Schadensbegrenzung, Du schießt ziemlich weit über das Ziel hinaus.