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Hi Jan,
Es geht hier nicht nur um Suchmaschinen. Man verschachtelt mehrere Webdokumente in einem. Der Benutzer weiß nicht mehr ob es sich um eine Seite handelt oder um mehrere. Wenn jemand eine Seite verlinken will, kann er nicht sicher sein, ob er auch die Navigation ebenfalls verlinkt, indem er das Frameset verlinkt oder bei Iframes die Seite, die den iframe enthält. Seiten sind dann nicht mehr navigierbar. Dokumente nicht mehr ansteuerbar. Das macht Frames und IFrames zu einer unsicheren Sache.
Da stimme ich Dir im Groben zu, bspw. sollte man kein schlichtes Navigations-Menü unnötigerweise auf Frames basieren lassen und wenn man Frames benutzt, solcherlei berücksichtigen.
Es gibt aber andererseits viele sinnvolle, wenn nicht unverzichtbare Anwendungen. Kleines Beispiel für einen sinnigen Einsatz von IFRAME findest Du im Link oben, wie es auch zig Anwendungen gibt, die sowieso niemand direkt verlinken wollen würde (Stichwort Shoutbox, Newsticker, Bannereinblendung, etc. pp.)
Wünsche eine angenehme und rahmenlose Nacht,
MIK