Versuche mal, deinen HTML-Code für das Popup in eine eigene Seite ("popup.html" o.ä.) auszulagern, die du window.open als 1. Parameter übergibst.
Geht leider nicht, da im HTML-Code ja von JS dynamisch erzeugte Werte vorkommen. Und wenn ich nur den 1. (statischen) Teil in eine HTML-Datei auslagere und übergebe, und den folgenden dynamischen Code per JS ins Dokument schreibe: Dann wird der 2.Teil nicht an den 1. angehängt, sondern er überschreibt den 1.TEil