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Natuerlich. Die Daten, die du auswertest, scheinen nicht im Kontext HTML benutzt zu werden - also wieso verwendest in ihnen eine HTML-Kodierung?
Sollte ich also dann die Umlaute in der Textdatei ganz normal speichern und für den Fall, dass ich sie später auf meiner Seite ausgebe mit htmlentities($word) anzeigen lassen?