Hier werden die include- und link-statements nicht ausgeführt.
Wie muss ich diese innerhalb einer php-Datei angeben?
Das hat nichts mit PHP zu tun, du musst nur deiner SSI-Routine sagen, sie soll auch PHP-Files durcharbeiten. Üblicherweise rattert die SSI-Sache nur über shtml-Dokumente.
Alternativ kannst du aber mit include() oder require() arbeiten (resp. die _once-Varianten) - näheres findest du in der PHP-Doku.