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Kann man da (bei Linux-Servern) auch Root-Kommandos, wie chown benutzen und auch die Flags (GID ist wichtig) ändern sowie die UMask für den Web-Server-User einstellen?
Warum sollte man das wollen? Die Config-Files bestehen doch schon - oder sollten sie zumindest, im Fall des OP geht's nur darum, einen zusätzlichen ServerAlias einzufügen, wenn ich das richtig verstehe. Wenn man natürlich die Files erst anlegen muss, wird es schwierig :)