dann bleibt die Antwort aber leider auch sehr individuell.
Ich werde einen Teufel tun und in einem Forum ganze Handbücher veröffentlichen, die jeden denkbaren Fall (oder viele davon) berücksichtigen. Das kannst Du bei mir gerne bestellen, wenn Du ein Verlag bist und mich dafür entschädigst.
Außerdem ist die Länge der Antworten begrenzt.
Erster Treffer zu "cpanel letsencypt":
https://blog.cpanel.com/how-to-configure-and-manage-lets-encrypt-in-cpanel/