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Lieber MB,
Ich selbst habe lediglich mit Joplin und CherryTree Erfahrung, beide fand ich für den Zweck als Notizbuch sehr gut, Joplin bevorzuge ich aufgrund dessen, dass es ein sehr modernes Design hat und man es sehr einfach und sicher (verschlüsselt) über mehrere Plattformen synchronisieren kann. Ich nutze es auf meinem Laptop, meinem Desktop PC und meinem Handy ohne Probleme. Man schreibt das ganze in MD und sieht direkt die Vorschau dazu: 
Mit den anderen genannten habe ich leider keine Erfahrung. Wenn du jedoch in deinem Studium wirklich am Laptop etwas von Hand schreiben willst, (vorausgesetzt du hast einen Stift) kann ich dir nur Stylus Labs Write empfehlen, ist bis jetzt die beste (und auch so ziemlich einzige) Software, die ich gefunden hab welche wirklich gut mit Linux und Stift funktioniert. Sonst gibt es noch Xournal++, das ist auch relativ gut, vorallem um in PDFs zu schreiben.
Viele Grüße
Manuel
Auge
Der Martin
Tabellenkalk