Erst mal den Quelltext strukturiert aufschreiben. Dann ist auf einen Blick sichtbar das die zweite "schließende" Wurzel
</msqrt>
fehlt.
Ich habe zwar so gut wie keine Erfahrung mit MathML, aber ich habe einfach mal auf Verdacht die "seltsamste" Zeile (bei strukturiertem Test) / Anweisung
<mo>²</mo>
gelöscht, danach waren die beiden Wurzeln gleich hoch.