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Hallo Tom,
Wenn ein typischer Server vielleicht vier Gigabyte RAM hat, dann hat er aber auch vier Terabyte Harddisk-Array.
4 TB Festplatten? Bitte? Und selbst wenn: soll der gesamte Inhalt überhaupt gecacht werden? Wie groß ist denn von den 4 TB denn wirklich die Menge an Daten, die über das Web ausgeliefert wird? IMHO sollte diese durchaus ins RAM passsen - selbst wenn "nur" 1 GiB verbaut sind.
Du führst sehr viele Argumente an (die IMHO nicht unbedingt schlüssig s), ohne jedoch einen praktischen Beweis zu liefern. Ich habe einen Benchmark bezüglich der Includes durchgeführt - wenn Du der Auffassung bist, dass viele Includes spürbar langsamer sind, als nur ein paar, dann führe bitte selbst einen Benchmark durch. Ich bezweifle ja nicht, dass mehrere Includes nicht langsamer sind, allerdings bin ich der Auffassung, dass der Geschwindigkeitsnachteil von ein paar Mikorsekunden (µs) nicht ins Gewicht fällt. Solange Du keine Handfesten Zahlen hast, die Deine These untermauern, dass der Geschwindigkeitsunterschied doch eine Rolle spielt, sind Deine ganzen Argumente nur leere Behauptungen.
Ich bezweifle ja nicht, dass es Quatsch ist, eine Million Dateien einzubinden, aber eine saubere Aufteilung in Dateien durch Performanceüberlegungen aufzugeben, die bei PHP sowieso keine Rolle spielen, halte ich für definitiv den falschen Ansatz. Wenn es Dir um so geringe Geschwindigkeitsbeträge geht, dann programmiere Deine Webanwendungen in C und nutze die FastCGI-Schnittstelle.
Viele Grüße,
Christian