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Google ist dein Freund: Base64 ist einfach nur eine Art, beliebige Daten mit einem Zeichensatz von nur 64 Zeichen (plus einem Padding-Zeichen) darzustellen. Dabei werden die Daten allerdings um ca. ein Drittel aufgebläht.
Ohne die verlinkte Seite auch nur gesehen zu haben gehe ich mal schwer davon aus, das der Autor einen sehr kompakten Base64-Dekoder mit eval() o.ä. kombiniert, um Javascript-Code zu verschleiern. Wahlweise wäre auch eine data:-URL in <script src=...> nach RFC2397 möglich, das versteht aber nicht jeder Browser.
Sinnlos, sich damit weiter zu beschäftigen. Javascript-Code kompakter zu machen, um Übertragungszeit auf langsamen Leitungen oder stark belasteten Servern zu sparen, klingt ja noch ansatzweise sinnvoll, aber 30% Overhead nur um zu verhindern, dass Kiddies Javascript-Code kopieren, ist absolut schwachsinnig.
Alexander