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Hellihello
was den Einsatz von OOP angeht ist das http://framework.zend.com vielleicht von Interesse.
Es basiert auch auf erwähnten Pattern (Singleton, MVC), ist Modular und hat u.a. auch eine Config-Klasse. Die Ordnerstruktur ergibt sich aus der Klassenstruktur.
Dank und Gruß,