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Tach,
das sind nicht die Pfade der Debian-PHP-Installation, da wird dir der Paketmanager von Debian keinen Schritt weiterhelfen, sofern du nicht die gesamte PHP-Installation austauschen möchtest.
PHP 5.4.13 ist übrigens veraltet und diverse Sicherheitslücken sind seitdem geschlossen worden. Du solltest statt das Update von Hand zu machen, allerdings auf die Mechanismen deiner Distribution setzen. Falls dir die Version in Debian Oldstable (5.3) zu alt ist, kannst du ja inzwischen auf das aktuelle Stable wechseln (5.4), der Umstieg steht dir bis April nächsten Jahres ja eh bevor.
mfg
Woodfighter