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Verwende relative Verweise von einem innerhalb der Scripte nicht näher spezifizierten Verzeichnis ausgehend und konfiguriere den include_path auf den beteiligten Systemen so, dass dieses Verzeichnis darin genauer benannt aufgenommen wird. Dazu eignen sich die Per-Verzeichnis-Konfigurationen, falls mehrere Projekte unterschiedliche Einstellungen benötigen oder man nicht allein auf der Maschine ist, oder die Systemkonfiguration von PHP.
Keine Ahnung, ob das nicht neue Probleme aufwirft, die bei der manuellen Verwaltung ausgehend von document root nicht aufträten. Kannst Du die Vorgehensweise an einem kleinen Beispiel erläutern?