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Für jede php.ini-Direktive ist im Handbuch erwähnt, an welchen Stellen sie geändert werden kann. include_path ist PHP_INI_ALL-Changeable. Das heißt, du kannst es pro Verzeichnis und selbst im Script noch ändern.
Wenn PHP_INI_ALL angegeben ist, wäre der korrekte Weg über
ini_set('include_path', '.:/ws1/include/:/ws1/us1/include');
innerhalb eines Skripts? Habe damit bisher noch nicht gearbeitet, deswegen muß ich fragen.