In gewisser Weise - wenn du dein Sortierungsscript ersetzen kannst, ist die Sache schnell gelöst. jQuery-UI-Sortable wäre z.B. eine Lösung, da kannst du den Container und die sortierbaren Elemente recht frei bestimmen.
Ok, soll heißen, Du würdest dazu raten, ui-sortable in Verbindung mit (Anzahl der tr-elemente geteilt durch 2) tbody-Elementen zu nutzen?
Gruß, Gerald