Hi Koontz,
die Datenbankdateien sollte man nicht einfach rüberkopieren. Exportiere die gesamte Datenbank mit mysqldump und spiel sie auf dem Unixsystem wieder ein. Falls Du phpMyAdmin verwendest kannst Du Sie auch dort über die Exportfunktion exporieren, und das entstehende SQL Script auf dem Zielsystem einspielen.
Gruss
Marko